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O Hospital Universitário Antônio Pedro (Huap) foi inaugurado no dia 15 de janeiro de 1951 e denominado Hospital Municipal Antônio Pedro. O nome é em homenagem ao clínico-geral Antônio Pedro Pimentel, um dos fundadores da Faculdade Fluminense de Medicina, que se destacou no estudo de doenças infecciosas.

Durante os seus primeiros anos de existência, o Huap sobreviveu com verbas da Prefeitura de Niterói e também com aquelas obtidas por meio da cobrança de serviços médicos prestados. Em 1957, a Prefeitura proibiu a cobrança de serviços e, em oito meses, praticamente sem recursos, o hospital fechou suas portas. 

Em dezembro de 1961, o hospital chegou a ser reaberto em caráter de emergência, para atender as vítimas do incêndio do Gran Circus Americano, que vitimou 400 pessoas, a maioria delas crianças. Uma equipe composta por médicos da Prefeitura e estudantes da Faculdade de Medicina da UFF foi montada às pressas para viabilizar esse atendimento. Como Niterói necessitava de um estabelecimento hospitalar de grande porte, houve esforço no sentido de mantê-lo aberto. 

Entretanto, a insuficiência de fundos e a falta de equipamentos e de materiais de consumo fizeram com que o hospital fosse desativado, em pouco menos de um ano. Em 1964, depois de três anos de abandono e como resultado de uma longa mobilização dos estudantes de Medicina, o Hospital Municipal foi cedido pela Prefeitura à Universidade Federal Fluminense tornando-se, assim, Hospital Universitário Antônio Pedro (Huap). 

Atualmente, o Huap é a maior e mais complexa unidade de saúde da Grande Niterói e, portanto, considerado na hierarquia do SUS como hospital de nível terciário e quartenário, isto é, unidade de saúde de alta complexidade de atendimento. 

O Huap atende a população da Região Metropolitana II que engloba, além de Niterói, as cidades de Itaboraí, Maricá, Rio Bonito, São Gonçalo, Silva Jardim e Tanguá. Sua área de abrangência atinge uma população estimada em mais de dois milhões de habitantes e, pela proximidade com a cidade do Rio de Janeiro, atende também parte da população desse município.